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醫院的微生物控制，是醫院空調的另一重要任務。大量事實表明，設計不合理的醫院空調，往往成為院內感染的根源之一。微生物污染的控制，經歷了從化學消毒，到工業潔凈技術，到生物潔凈技術的變化歷程。
化學消毒方法 是對室內和空調系統進行消毒，并在機組和管道內設置若干紫外線燈管。化學消毒劑對人的皮膚、神經系統等，會產生一定的不良影響，且藥物殘留和紫外線產生的臭氧等對室內的污染甚為嚴重。
工業潔凈技術 我國在20世紀70年代后期，開始借助于工業潔凈技術這一物理手段來控制微生物污染取，得了一定的效果。盡管控制手段變了，但傳統的思維方式沒有變化，依然只是將已發生的病菌除掉。一般是在空調系統末端，增設亞高效空氣過濾器。大量事實表明，單純的凈化除菌，仍然無法****控制微生物污染。
生物潔凈技術 如今，對空氣途徑的微生物控制要求越來越高，要****控制微生物污染，只有采用生物潔凈技術，因為生物潔凈技術旨在建立起一套保障體系，不僅在于**終無菌程度的體現，而在于將**終結果的控制，轉變為影響因子的控制，轉變為全過程的控制，這是生物潔凈技術的關鍵。只有這樣，才可能從根本上****消除空氣途徑引起的微生物污染。要控制從滋菌發展到微生物污染，需要******、全過程地仔細檢查系統中可能產生微生物污染的關系鏈。此關系鏈通常由3條組成：存在微生物積存的隱患；引發微生物繁殖的因素；具有使微生物從積存地散播給易感人群的途徑。
生物潔凈技術不同于工業潔凈技術的一個重要措施，在于從根本上破壞或消除這條關系鏈，即消除細菌滋生的條件，抑制或降低細菌發生，切斷系統所有潛在的污染傳播途徑。當然，生物潔凈技術也采用了與工業潔凈技術類似的技術手段，如使用空氣過濾的物理方法；依靠氣流技術提高室內的無菌程度；并采用壓力控制技術，****無菌空間免遭室外污染的侵入。
實施以生物潔凈技術為中心的綜合保障措施，如開發新型空調機組和系統，開發新一代的抗菌材料與產品等，正在探索中。該技術用于醫院空調系統將是一種發展趨勢。
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